По большому счёту команда fakeroot alien caja-terminal-0.9.1-1.fc25.x86_64.rpm
действительно соберёт одноимённый deb пакет. Но вот только маленькие нюансы. Файл Control будет сгенерирован от имени пользователя машины, а здесь нарушается безопасность. Также не будут указаны зависимости пакета, что способствует созданию нерабочего пакета. Он может и установится, но толку с такого пакета.